VPN не различает конкретные приложения и вообще не занимается маршрутизацией, а лишь предоставляет сетевой интерфейс со шлюзом.
За маршрутизацию отвечает ваша операционная система, которая, как правило, различает только IP-адреса и иные правила невозможны. Если вам очень нужно, чтобы IP-адрес был изменен только исключительно в одной программе, советуем вам поставить виртуальную машину, на которой вы сможете запустить любое ваше приложение, а на основной операционной системе работать с вашего реального IP-адреса.
Если вам требуется изменить IP-адрес только в браузере используйте приватные прокси. Но не забывайте, что тогда теряется вся анонимность и ваша безопасность в целом.